抗战爆发后邓宝珊被国民党政府任命为第21军团军团长，赴榆林就任。初到榆林，他即派人与陕甘宁边区绥德警备司令部陈奇涵司令员商谈协防事宜。接着，陕甘宁边区留守处主任肖劲光到榆林，双方达成了和平相处的默契。1938年春后，邓宝珊派驻兵力于鱼河堡，叮嘱带队军官：“维护陕甘宁边区到榆林这一段公路的交通安全，保护来往车辆和人员顺利出入！”整个抗战期间，邓宝珊与陕甘宁边区一直保持着睦邻关系，对蒋介石发动的历次反共高潮，均以沉默对待。邓还多次去延安，同毛泽东、朱德等中共领导人晤谈。1943年6月，蒋介石电召邓宝珊去重庆，途经延安，毛泽东向他表明了中国共产党争取民主团结、把抗战进行到底的决心；到西安时，又同周恩来会晤，对中国共产党坚持团结抗战的主张深为敬佩。抵渝后，邓听到的则是一浪高过一浪的反共叫嚣。出于对国家民族前途的关心，他在最后一次见蒋时，犯颜直谏：“国难当头，如再搞阋墙之争，后果不堪设想。”邓宝珊由重庆回榆林再次到延安，毛泽东等对他此行为争取国内民主和平所做的努力极为赞赏。1944年12月22日，毛又致信给邓宝珊，说：“去年时局转换，先生尽了大力，我们不会忘记。八年抗战，先生支撑北线，保护边区，为德之大，更不敢忘。”